身具九喇嘛的鸣人和牛鬼的奇拉比被迫隐藏。
转移途中，两人遭遇鼬，鼬向鸣人讲述了佐助的变化，并提醒他小心。
此时，鼬的乌鸦所携带的未来少年宇智波止水的万花筒写轮眼却爆发别天神，让鼬重新回到兜的控制之下。
鼬和被兜召唤出的漩涡长门一起攻击鸣人与奇拉比。被二人击退。
为保护五位大名，水影离开战场。
为指挥大军，火影和雷影离开战场。
倒三代土影两天秤大野木击退他未来的学生、倒二代土影无，倒五代风影沙瀑我爱罗击退倒二代水影鬼灯幻月。未来影军团均被封印。
鹿丸、丁次、井野击退自己未来的学生、倒三代火影的父亲，猿飞阿斯玛。
前任火影旗木卡卡西击退未来忍刀七人众。
前任雷影达鲁伊率众击退未来云隐翘楚金银兄弟，并封印了上古忍具。
收尾部队对攻，大战宣告结束。
但许多晓的成员成为了漏网之鱼。
与此，在我爱罗的演说中，五大国联军正式解散。
经历了战争的种种，鸣人心中升起了负面的情绪，黑暗鸣人诞生。
九尾和鸣人之间，就此产生间隙。
鸣人离开云隐。
佐助心中对五大国的怨恨已经产生，愈演愈烈，同带土一道离开。
战争只剩下局部还未停息，五影会谈开始，准备商量战后事宜。
宇智波带土隐姓埋名，化身为阿飞。
宇智波佐助和带土一起偷偷前往铁之国，未想到被鸣人一行人碰到。
对佐助依然抱有爱意的小樱无奈决定杀死佐助。
鸣人不愿放弃佐助，苦口相劝。
但是佐助丝毫不为所动，并在和鸣人大战一场后，带走原本跟随着卡卡西的香磷，纲手因为伤势过重，陷入昏迷，刚刚压制了佐助的纲手学生，志村团藏接任代理火影。
鹰小队和带土、绝一起来到会场。
大闹五影会谈后，带土宣布大战结束，而后悄悄离开。
因互相猜忌，五影会谈不欢而散，五大国之间的关系不复当初。
同时，五大国公开宣布，处决佐助。
鸣人等人回到木叶。
长门卷土重来，掌控了晓，化身马克思佩恩，要让世界感受痛楚。
鸣人因为受伤过重，实力无法回到巅峰，加上和九尾的间隙，堪堪和佩恩打了个平手。
纲手苏醒，和卡卡西一起惊退了佩恩。
鸣人不愿想起往事，前往妙木山，散去一身仙术。
虽然叛出了五大国，但佐助依然不希望晓成功，因此他带领鹰小队潜入晓的内部，获得被切下来的八尾触角，寻找偷溜的奇拉比。
另一边，被艾抓住的奇拉比为了逃脱，放走了干柿鬼鲛，但同时剥夺了他得到的所有情报。
悄悄逃回云隐的奇拉比遇上佐助，因为误会，两人大战。
因为心生愤懑，加之收到了阿飞的蛊惑，佐助竟然失忆，将一切的罪责归咎于鼬。
但同时，佐助也减轻了对木叶的怨恨，万花筒写轮眼再也无法开启。