那些有私心的部落首领虽然心中不愿，可却无法违抗神农氏的命令，毕竟他们难以改变整个人族更多有识之辈的决定，轩辕的崛起已是大势所趋。
与此同时，在洪荒西南的大部落九黎部族中，蚩尤诞生成长了起来。拥有巫族的血脉的九黎，一向不服人族管理，信奉巫修，加上巫族剩下的几位大巫的支持，同样修炼到了大巫层次的蚩尤，遂决心通过征战杀伐一统洪荒人族，到时巫族也可跟着兴盛起来，占得人族高位，甚至他蚩尤成为人族共主，得到人皇之位。
在九黎通过杀伐扩张壮大起来时，在陈都，神农氏有感自己功德圆满，正式将人族共主之位让给了轩辕。
地皇归位，教导神农氏的玄都，以及其间帮助过神农氏的孔宣，都是得到了些功德，孔宣更是收了神农氏的女儿女娃为弟子，修罗一脉也终于算是有了一位三代弟子了。
九黎部落，蚩尤在得知轩辕继承人族共主之位后，认为时机已经成熟，如今轩辕刚刚成为人族共主，根基不稳，正是九黎起-->>
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在蚩尤的带领下，尤其是一些巫族强者的加入，令九黎大军战力强大，所向披靡，几乎不可抵挡..
得知九黎起兵，已是接连攻破收服了不少人族部落，轩辕大怒，遂亲自领兵出征。九黎虽强，但他背后也有广成子，还有玉鼎、慈航、清虚等几位师伯，甚至有修罗一脉这个大靠山，岂会怕了早已衰落的巫族呢？
轩辕与蚩尤战于逐鹿，九黎大军凶悍，因有巫族血统，力大无穷，多有能生撕虎豹的勇士，轩辕的军队虽然精锐，一开始也是连连受挫落败，以至损兵折将。
军队不如人家精锐，这可怎么办？广成子他们虽修为高深，总不能直接出手去屠戮九黎大军啊！
正踌躇无奈时，玉帝派西王母弟子九天玄女下凡，传授了轩辕兵书战阵之术，其中包含了训练天兵之法。轩辕研究之后，重新训练军队，很快便是让麾下大军战力提升，借助战阵和兵器之利，总算是勉强能够对抗得了九黎大军。
多番交战后，见奈何不了轩辕的蚩尤，遂下令摆下玄阴大阵，此阵法阴毒玄妙，乃是巫族传承下令。蚩尤又有风伯雨师两位大巫相助，顿时让轩辕头疼不已。广成子等，以及九天玄女，也都奈何不了那玄阴大阵。
好在后来修罗一脉最擅长阵法一道的云霄仙子前来，探出了玄阴大阵的门道，指点广成子等人破阵，大败九黎大军。